Ewolucja kształtu koryta Brynicy dokonywała się na przestrzeni licznych stuleci. W okresie, gdy główną działalnością społeczności była praca na roli, ingerencja w układy wodne ograniczała się do prac melioracyjnych, takich jak budowa tam na rzece i jej dopływach, mających na celu wykorzystanie energii wodnej do napędu młynów, tartaków i stawów rybnych. Zaburzenie równowagi wodnej w okolicach Czeladzi nastąpiło wraz z rozpoczęciem eksploatacji węgla. Wcześniej nadmiar wody zgromadzonej w warstwach triasowych znajdował naturalny odpływ poprzez liczne źródła. Jednakże, wraz z eksploatacją węgla, sięgając do warstw karbonu, doszło do przebicia się przez warstwy triasowe, co zmieniło te dynamiczne relacje wodne 1.
Wówczas istniejąca równowaga wodna uległa zakłóceniu. Pęknięcia w warstwach triasowych umożliwiły wodzie Brynicy łatwe przedostawanie się, zalewając wyrobiska węglowe. Rzeka, płynąc przez obszary o nieuszczelnionym i pełnym pęknięć podłożu, skonfrontowana była z problemem. Kopalnia „Saturn” odprowadzała nadmiar wody do Brynicy, co wynikało z eksploatacji węgla, generując w roku 1928 około 12 m3/min. odprowadzonej wody przy pobieraniu jedynie 1 m3/min.
Od drugiej połowy XIX wieku woda Brynicy zaczęła stanowić istotne zagrożenie dla górnictwa na niewielkich głębokościach z powodu dużych wycieków wód. W związku z tym w latach 1921-1929 podjęto działania regulacyjne, a w latach czterdziestych XX wieku rozpoczęto betonowanie prostowanego koryta, mając na celu zapobieżenie przeciekaniu wody do korytarzy kopalnianych. Prace te trwały nawet w latach sześćdziesiątych XX wieku.
W tym samym czasie nasilało się stopniowe zanieczyszczenie wód Brynicy, co skutkowało likwidacją dawnych młynów i tartaków, a także wielu źródeł wód powierzchniowych. Około 2012 roku zlewnia rzeki Brynicy należała do najbardziej przekształconych w Polsce, a sama Brynica w środkowym i dolnym biegu jest praktycznie traktowana jako kanał ściekowy, mimo że przed II wojną światową była miejscem rekreacyjnym. Rzeka Brynica utrzymuje jakość wody pierwszej klasy czystości od źródeł (na długości 25 km) do miejsca poniżej zbiornika Kozłowa Góra, gdzie staje się odbiornikiem ścieków gospodarki komunalnej z różnych miast i osiedli nad nią położonych. Zjawiska te spowodowały gwałtowne pogorszenie jakości wód Brynicy, zwłaszcza w rejonie Czeladzi, ze względu na dopływ zanieczyszczeń z różnych źródeł. Wody Brynicy są obecnie obciążone nadmiarem metali ciężkich i zasoleniem pochodzącym głównie z przemysłowych źródeł, a także związkami organicznymi, biogennymi i bakteryjnymi z komunalnych ścieków. Pomimo kilku dziesięcioleci monitoringu, stan wody Brynicy uległ jedynie niewielkiej poprawie 2.
Wydobycie węgla miało także wpływ na obniżanie poziomu wód gruntowych, co skutkowało zanikaniem wód w studniach czeladzkich. Już w latach dwudziestych XX wieku mieszkańcy byli zmuszeni do pogłębiania istniejących studni miejskich. Niemniej jednak, kontynuacja eksploatacji węgla doprowadziła praktycznie do pozbawienia miasta dostępu do wody. Z uwagi na silne zanieczyszczenie wody Brynicy, nie było możliwe jej wykorzystanie zgodnie z potrzebami. W tamtym okresie wodę i ścieki z kopalni „Saturn” oraz miejską kanalizację odprowadzano do Brynicy. W rezultacie już w 1933 roku Brynica stała się całkowicie nieprzydatnym źródłem wody dla miasta.
Koryto rzeki zostało uregulowane, otoczone wałami i obudowane ze względu na ciągłe osiadanie wynikające z szkód górniczych. Brynica przepływa przez różne obszary, w tym nieużytki na północy, parki w części środkowej i ogródki działkowe na południu. Obecnie krajobraz i środowisko naturalne dorzecza Brynicy można podzielić na trzy główne formacje przestrzenne: obszary rolnicze i porolne, tereny zurbanizowane oraz tereny poprzemysłowe i przemysłowe 3.
